Fase 2, ook wel uitzweet- of pasteurisatieproces genoemd, is de volgende stap in de verticale productieketen. Het doel is om de selectiviteit af te maken door middel van het pasteuriseren en verwijderen van de aanwezige ammoniak.
Nadat de tunnels zijn gevuld start het continu beluchte proces. Nadat het substraat tot rust is gekomen, wat 10 – 18 uur duurt, wordt door de ontwikkelde activiteit van aanwezige organismen de temperatuur verhoogd tot 58°. Deze temperatuur houden we 8 uur aan zodat onder invloed van tijd, temperatuur en ammoniak de aanwezige schadelijke organismen worden afgedood. Het substraat wordt dus steriel gemaakt. Hierna wordt de temperatuur gestuurd naar een temperatuursbereik van 43 – 48°C. In dit temperatuursbereik zijn organismen actief die de voor de champignon schadelijke ammoniak omzetten in voedzame stikstof. Het totale fase 2 proces duurt 5 – 6 dagen en vindt plaats in geheel gesloten tunnels die een roostervloer bevatten waardoor continu wordt belucht. Met behulp van sensoren, ventilatoren en gefilterde buitenlucht wordt zo de temperatuur gestuurd.